Događanja II. svjetskoga rata ispisala su u Samarici potresne i tragične stranice hrvatske povijesti. Tako samarički župnik vlč. Franjo Tominšek u župnoj spomenici zapisuje:
U godini 1943. i kasnije, kad je cijeli svijet plakao od strahota rata, plakao je s njime i narod ove župe. Možda je ovaj kraj trpio više nego ostali svijet. Već u siječnju g. 1943. počeli su se u ovim krajevima pojavljivati partizani i nije čudno ako su zato Samarica i njezina susjedna sela bila cilj njihovim neprijateljima.
Može se reći da su svi putevi iz Samarice, kao i u Samaricu zatvoreni. Istina je i da župnik više od godinu i pol nije od Duhovnog stola primio pošte. Jednom riječju, Samarica je bila odrezana od svijeta.“
Širenjem partizanskog pokreta tijekom 1943. g. po cijelom području Moslavačke gore, partizani su uspostavili svoju vlast i Komanda moslavačkog područja Druge operativne zone NOV Hrvatske nalazila se od jeseni te godine u zgradi tzv. štacije u Samarici.
„U župnoj kući izabrali su 3 sobe i tu bivali tijekom 8 mjeseci. Partizani su zaposjeli i gotovo sve druge kuće u selu, a narod im je bio primoran davati hranu i faringe“, kako svjedoči vlč. Tominšek.
U zgradi osnovne škole nalazio se Vojni sud, a u podrumu škole zloglasni vojni zatvor za područje šire Moslavine i sjeverozapadne Hrvatske. Sudili su na smrt istaknute Hrvate, ugledne i bogate seljake, zarobljene hrvatske vojnike i službenike NDH. Među osuđenima bilo je i mladih žena i majki. Osuđeni su bili vezani lancima, ušljivi, a hrana im je bila brašno zamućeno u vodi i komad kruha.
Neki su, poput samaričkog lugara Ivana Pavelića, tek imali nesreću da imaju krivo prezime. Njega partizani mučki ubili 1943.g., a nedugo potom su svoju komandu smjestili u lugarnicu gdje je dotad Pavelić živio s tek vjenčanom suprugom.
U podrumu škole bilo je do 30 ljudi koji su čekali suđenje ili smrt. Rano ujutro partizani su vodili osuđene na smrt u 3 kmudaljenu šumu Garjevica, u predjel zvan Cipeliševac i tamo ih strijeljali. Kad su se vraćali iz šume, partizani su često nudili na prodaju odjeću ubijenih. Djeca i odrasli iz Samarice koji su napasali krave mnogo toga su čuli i vidjeli, a u šumi su nailazili na svježe grobove. Naravno, o tome je bilo zabranjeno javno govoriti, kao i posjećivati mjesto tog okrutnog stratišta. Ljudi su se s pravom bojali, jer je mnoge „pojela noć“ zbog samo jedne krive riječi.
Ipak, nakon završetka rata, mnogi su u potrazi za grobovima svojih najmilijih krišom dolazili na to područje i u kore mladih bukava nožem urezivali križeve. Nekoć jedva primjetni mali križići urezani u koru bukava na Cipeliševcu godinama su cvjetali i zajedno s ovim divovskim bukvama rasli prkoseći vremenu koje ih je htjelo zatajiti. Nepoznato je tko je i kada na ovom stratištu postavio i manji drveni križ.
Povjerenstvo za ratne žrtve Bjelovarsko-bilogorske županije na čelu s primarijusom dr. Rudolfom Miculinićem istraživalo je 21. svibnja 1998.g. grobište Cipeliševac i tom je prilikom šumarski tehničar Milan Šarlija iskopao ljudske kosti, koje su fotografirane i ponovno zakopane.
Na inicijativu Šumarije Ivanska na grobištu u Cipeliševcu postavljen je pet metara visoki hrastov spomen-križ, a oko križa hrastova ograda. Komemoracija je održana 31. listopada 1999. g. Blagoslov spomen-križa i grobišta uz molitvu za oprost dušama nevino ubijenih učinio je vlč. Ivan Benković, tadašnji župnik župe sv. Katarine u Samarici.
Nakon pet desetljeća šutnje i prikrivanja prave istine o partizanskoj „narodnoj vlasti“ u Samarici, ovim činom učinjena je samo mala simbolična satisfakcija obiteljima stradalih i svim nepoznatim žrtvama koje nisu imale pravo ni na pošteno suđenje ni na obranu, kao što ni u smrti nisu imale pravo na civilizirani pogreb i grobno mjesto s vlastitim imenom i prezimenom na križu. Koliko je ljudi ubijeno u Cipeliševcu pouzdano se ne zna jer niti jedna žrtva nema pismenu presudu partizanske vlasti, a ne postoji ni popis ubijenih. Osim ovog stratišta, u blizini sela nalazi se i druga lokacija tzv. Vapljenice, za koju stariji mještani tvrde da krije možda još više žrtava no što ih ima na Cipeliševcu.
Najstariji spomenik školstva na ovom području, od 1993.g. pod zaštitom Regionalnog zavoda za zaštitu spomenika kulture, danas izgleda doista stravično. Odgovorne institucije koje brinu o kulturi nisu dosad imale sluha za sva dosadašnja nastojanja Mjesnog odbora Samarica i Općine Ivanska da se ovaj spomenik kulture spasi. Nekadašnji hram znanja, ali i katakomba hrvatske kršćanske patnje, trebao bi i budućim generacijama pričati i svjedočiti istinu o povijesnom križnom putu hrvatskoga naroda.
Danas malobrojni živi svjedoci toga vremena sa suzama govore o tjeskobi s kojom su živjeli tolike godine. Bili su svjedoci bešćutnosti jedne ideologije koja je na najokrutniji način nastojala ušutkati glasove svih neistomišljenika i koja je silom i nametanjem komunističkih ideja željela iz pamćenja i života samaričkog puka iščupati korijenje kršćanske tradicije i vjere.
No, samaričko narodno i vjerničko biće više ne šuti. Svoju bolnu i potresnu povijest pretače u pjesme. Jednu od njih napisala je Marica Križan- Brslanova i narod ju je prihvatio i pjeva s oduševljenjem pa je s pravom prozvana ‘samaričkom himnom’:
Samarica selo od davnina
dičila se tobom Moslavina.
Samarica Bogu si oteta
robijaškom mukom si zakleta.
Zakleli te mladi domobrani
po šumama tvojim zakopani.
Za taj zločin ni se smjelo znati
jer su samo ginuli Hrvati.
Majko Božja mučenoga Sina,
raj otvori svim izgubljenima.
I uz pomoć svete Katarine
daruj mladost naše Moslavine.
Dok nas štiti sveta Katarina
živjeti će naša Moslavina.
Moslavinom procvale su ruže
ne kaže se više ‘Zdravo druže’.
Sad se pjeva naša najmilija:
Hvaljen budi Isus i Marija!